DZHKomics - 1.200 Genome

Kontakt

Projektkoordinatoren:
Prof. Tanja Zeller
Prof. Jeanette Erdmann
Prof. Heribert Schunkert
omics.resource(at)dzhk.de.

Über das Projekt

OMICs-Technologien sind inzwischen zu wichtigen Instrumenten und Ressourcen bei der pathogenetischen Erforschung kardiovaskulärer Erkrankungen und der Systemmedizin geworden. Im Rahmen des Kooperationsprojekts DZHKomics stellte das DZHK Mittel für DNA- und RNA-Sequenzierungen, Transportkosten der Proben bzw. Speichermedien und zur Datenhaltung der Sequenzdaten zur Verfügung.

Durch dieses Sequenzierungsprojekt wurde eine gesunde Kontroll-Ressource generiert, die unser Verständnis erweitern wird, wie Gene zum Auftreten einer Erkrankung bzw. von Erkrankungen beitragen.


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Daten beantragen

Die Daten stehen sowohl DZHK-intern als auch international für Nutzungsanfragen zur Verfügung. Nutzungsanfragen können fortlaufend eingereicht werden unter: omics.resource(at)dzhk.de. Das DZHKomics Use and Access Committee wird über Nutzunganfragen entscheiden.


Kooperationspartner von DZHKomics

Beteiligte Kohorten:
Für die Generierung dieser Ressource wurden insgesamt 1.200 DNA-Proben auf Ganzgenombasis und 600 RNA-Proben sequenziert. Das Probenmaterial wurde dabei aus sechs an verschiedenen DZHK-Mitgliedseinrichtungen bereits existierenden epidemiologischen Kohorten-Studien ausgewählt:

  • Gutenberg-Gesundheitsstudie (GHS) - Universitätsmedizin der Johannes Gutenberg-Universität Mainz
  • Hamburg City Health Study (HCHS) - Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf
  • Heidelberg Normal Kontrollen (NOKO) - Universitätsklinikum Heidelberg
  • Kooperative Gesundheitsforschung in der Region Augsburg (KORA) - Helmholtz Zentrum München
  • Study of Health in Pomerania (SHIP) - Universitätsmedizin Greifswald
  • Instituts für Klinische Molekularbiologie Kiel (IKMB) - Universitätsklinikum Schleswig-Holstein

Probenaufbereitung und Qualitätskontrolle:
Im Vorfeld zu den Ganzgenom- und RNA-Sequenzierungen wurden SOPs für eine harmonische Probenaufbereitung eigens für das DZHKomics Projekt entwickelt. Diese Vorgehensweise sollte mögliche störende Einflüsse auf die Sequenzierungen der aus verschiedenen Kohorten stammenden Proben minimieren und eine hohe Vergleichbarkeit der generierten Sequenzdaten erreichen.

Sequenzierungen, Prozessierung, Datenhaltung:
Die Ganzgenomsequenzierung wurden auf der „HiSeq-X“ Plattform der 'High Throughput Sequencing Unit'  des Deutschen Krebsforschungszentrums in Heidelberg (DKFZ) durchgeführt. Die Prozessierung der Daten erfolgt am Institut für Humangenetik (Helmholtz Zentrum München), am Institut für Kardiogenetik (Universität zu Lübeck) und am Institut für Medizinische Biometrie und Statistik (Universität zu Lübeck).

In Ergänzung wurden sowohl die RNA-Sequenzierungen auf den HiSeq Sequencers am Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in Berlin (MDC) als auch die Prozessierung der Daten in München, Lübeck und Hamburg durchgeführt.


Aktuelle Nutzungsprojekte

Verantwortlicher Wissenschaftler:Titel:
Meder, Haas (Heidelberg)DZHK OMICs Resources Enable First Association Studies For Genomic Structural Variations In Patients And Controls