DZHK-OMICs Ressource

OMICs-Technologien sind inzwischen zu wichtigen Instrumenten und Ressourcen bei der pathogenetischen Erforschung kardiovaskulärer Erkrankungen und der Systemmedizin geworden. Im Rahmen des Kooperationsprojekts DZHK OMICs Ressource stellte das DZHK Mittel für DNA- und RNA-Sequenzierungen, Transportkosten der Proben bzw. Speichermedien und zur Datenhaltung der Sequenzdaten zur Verfügung.

Durch dieses Sequenzierungsprojekt wurde eine gesunde Kontroll-Ressource generiert, die unser Verständnis erweitern wird, wie Gene zum Auftreten einer Erkrankung bzw. von Erkrankungen beitragen.

Beantragung von Daten

Die prozessierten DNA- und RNA-Daten unserer Ressource stehen sowohl DZHK-intern als auch international für Nutzungsanfragen zur Verfügung. Nutzungsanfragen können fortlaufend eingereicht werden. Richten Sie diese bitte an omics.resource(at)dzhk.de unter der Nutzung des entsprechenden Formulars. Das DZHK OMICs Ressource Use and Access Committee (ORC) wird über Nutzunganfragen entscheiden.

Aktuelle Nutzungsprojekte

Verantwortlicher WissenschaftlerTitel
Meder, Haas (Heidelberg)DZHK OMICs Resources Enable First Association Studies For Genomic Structural Variations In Patients And Controls

Kooperationsprojekt „DZHK OMICs Ressource“

Beteiligte Kohorten

Für die Generierung dieser Ressource wurden insgesamt 1.200 DNA-Proben auf Ganzgenombasis und 600 RNA-Proben sequenziert. Das Probenmaterial wurde dabei aus sechs an verschiedenen DZHK-Mitgliedseinrichtungen bereits existierenden epidemiologischen Kohorten-Studien ausgewählt:

  • Gutenberg-Gesundheitsstudie (GHS) - Universitätsmedizin der Johannes Gutenberg-Universität Mainz
  • Hamburg City Health Study (HCHS) - Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf
  • HD Supercontrols (HDSC) - Universitätsklinikum Heidelberg
  • Kooperative Gesundheitsforschung in der Region Augsburg (KORA) - Helmholtz Zentrum München
  • Study of Health in Pomerania (SHIP) - Universitätsmedizin Greifswald
  • Instituts für Klinische Molekularbiologie Kiel (IKMB) - Universitätsklinikum Schleswig-Holstein
Probenaufbereitung und Qualitätskontrolle

Im Vorfeld zu den Ganzgenom- und RNA-Sequenzierungen wurden SOPs für eine harmonische Probenaufbereitung eigens für das OMICs Ressource Projekt entwickelt. Diese Vorgehensweise sollte mögliche störende Einflüsse auf die Sequenzierungen der aus verschiedenen Kohorten stammenden Proben minimieren und eine hohe Vergleichbarkeit der generierten Sequenzdaten erreichen.

Sequenzierungen. Prozessierung, Datenhaltung

Die Ganzgenomsequenzierung wurden auf der „HiSeq-X“ Plattform der 'High Throughput Sequencing Unit'  des Deutschen Krebsforschungszentrums in Heidelberg (DKFZ) durchgeführt. Die Prozessierung der Daten erfolgt an der Universität Lübeck und am Helmholtz Zentrum München.

In Ergänzung wurden sowohl die RNA-Sequenzierungen auf den HiSeq Sequencers am Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in Berlin (MDC) als auch die Prozessierung der Daten durchgeführt.


Kontakt

Bei Fragen wenden Sie sich bitte an die Projektkoordinatoren Prof. Tanja Zeller, Prof. Jeanette Erdmann und Prof. Heribert Schunkert unter omics.resource(at)dzhk.de.